O relatório do inquérito policial que investiga o delegado Protógenes Queiroz aponta duas fases da Polícia Federal: durante a gestão do ex-diretor geral da PF, delegado Paulo Lacerda, e após sua saída, quando foi para a Agência Brasileira de Inteligência. Na primeira fase, sustentam os policiais responsáveis pelo inquérito, Protógenes gozava de autonomia dentro da instituição, embora fosse subordinado a outros delegados. Já com a entrada de Luiz Fernando Côrrea, diz o relatório, Protógenes teve problemas com as mudanças dentro da PF.

No relatório divulgado pelo jornalista Ricardo Noblat (Clique para ler a Parte 1 e a Parte 2), o delegado Amaro Vieira Ferreira afirma que Protógenes tinha autonomia e nenhum controle efetivo de suas atividades era exercido na época em que Paulo Lacerda dirigia a instituição. Enquanto o superior do delegado recebia informações muito vagas sobre a Operação Satiagraha, que investiga o banqueiro Daniel Dantas, Lacerda era informado diretamente por Protógenes.

Entretanto, segundo a PF, o próprio Lacerda, em depoimento, afirmou acreditar que Protógenes também informava seus superiores do que estava fazendo, já que não tinha obrigação de se reportar diretamente ao diretor geral.

Segundo o relatório, Protógenes deslocava servidores para apoiar suas missões e usava equipamentos sem obedecer a qualquer formalidade. Além disso, diz a PF, alguns servidores foram deslocados desnecessariamente, passando grande parte do tempo em outras cidades sem ter o que fazer. Um dos funcionários afirma que em um “período de sessenta dias, suas atividades se resumiram apenas a participação de diligências para confirmar quatro endereços”.

O relatório também afirma que, segundo depoimentos colhidos, o superior hierárquico do delegado Protógenes o repreendeu quando foi descoberto um agente da Abin em uma sala de análises da PF. Para Amaro, a participação da agência foi clandestina até mesmo para a Polícia.

"Na busca por elementos que pudessem indicar materialidade e autoria da quebra de sigilo funcional, que favoreceu a jornalista Andrea Michael, verificou-se que, justamente essa parceria informal com a Abin, propiciada pelo delegado Protógenes Queiroz, é que veio possibilitar à jornalista, através de contatos com servidores daquela Agência, Thélio Braun D´Azevedo e Luiz Eduardo Melo, a obtenção de dados sigilosos e o conhecimento do real andamento das investigações então em curso”, diz o relatório.

Ainda segundo o documento, Protógenes soube do encontro dos servidores da Abin com a jornalista que aconteceu antes da publicação da notícia que informava sobre a operação antes de ser deflagrada. Entretanto, diz a PF, o delegado desconsiderou a hipótese de terem sido os servidores que vazaram a informação. O delegado Amaro Vieira diz que Protógenes apresetnou a versão de que o vazamento ocorreu por seu chefe imediato.