O Ministério Público de São Paulo propôs, em 1992, uma ação civil pública contra Marco Antônio Buoncompagno, gerente de construção da linha 4 do Metrô, segundo informações do jornal Folha de S. Paulo. O funcionário é acusado de participar de um esquema ilegal de contratações públicas em parceria com a Andrade Gutierrez, uma das empresas que faz parte do Consórcio Via Amarela.

A acusação ainda não foi julgada e está em fase de perícia, e Buoncompagno foi nomeado para gerenciar e fiscalizar a obra durante a gestão de Geraldo Alckmin. O cargo é de confiança do presidente do Metrô, Luiz Carlos Frayze David, e responde por todas as decisões do Estado em relação à obra.

No dia 12 de janeiro, um canteiro de obras da futura estação Pinheiros, sob responsabilidade do consócio, desabou gerando em sete mortes. Outros oito acidentes aconteceram durante a obra, com a morte de um operário.

O Ministério Público argumenta que Buoncompagno e a Andrade Gutierrez atuaram num esquema que teria levado ao enriquecimento de Antônio Sérgio Fernandes, ex-presidente do Metrô no governo Quércia. Segundo as investigações, a empreiteira, junto com a Mendes Jr., era beneficiada por aditivos contratuais irregulares para que repassassem parte dos serviços à Engemab, empresa de engenharia de Buoncompagno, de acordo com o MP.

Em troca, o fiscal, que é amigo de Fernandes, construiria gratuitamente casas de alto padrão em Alphaville para o então presidente do Metrô. A promotoria classificou a estratégia de "ardil". Os aditivos contratuais de até 46,5% foram "atos viciados contraídos pelas empreiteiras-rés [Andrade Gutierrez e Mendes Jr.] e sua subempreiteira [Engemab], com sócios [Buoncompagno] incestuosamente vinculados ao ex-presidente do Metrô", segundo ação do Ministério Público. A ação pede a "nulidade dos contratos" e a condenação dos réus para repor gastos extras do Mêtro. Na esfera penal, uma ação com acusação de corrupção contra Buoncompagno foi arquivada.

A Engemab teria sido contratada para a construção de edifício da companhia e de posto da PM na estação Paraíso e obras da Delegacia da Barra Funda e da Administração Regional de Santana na época. O Ministério Público afirma que a Engemab ganhou US$ 6,2 milhões com as subempreitadas. A empresa admite ter recebido US$ 2,7 milhões, valor que representaria, segundo eles, só 1,31% do montante contratual das empreiteiras.

A demora no julgamento do caso acontece porque há uma quantidade grande de réus (23), além do debate, nos anos de 1990, da competência do Ministério Público sobre este tipo de ação. Em 28 de dezembro de 2006, a Justiça aprovou, ao custo de R$ 45 mil, a realização de análise pericial dos contratos e dos bens relacionados.