Não cabe ao Conselho Nacional de Justiça, dada a sua função administrativa, interferir na função jurisdicional, típica do Poder Judiciário. Esse é o principal argumento apresentado pela Associação dos Juízes Federais do Brasil (Ajufe) em mandado de segurança no qual pede que o Supremo Tribunal Federal suspenda a recomendação do CNJ que mandou os tribunais cumprirem as decisões e atos normativos do órgão, "ainda que exista ordem judicial em sentido diverso". A única exceção é se a ordem vier do Supremo Tribunal Federal.
No mandado de segurança, a Ajufe reforça seu entendimento de que o ato do CNJ é ilegal e inconstitucional. "Com efeito, não está em jogo aqui a correção das decisões judiciais impugnadas na via disciplinar; o que está em jogo é a independência funcional dos magistrados, mas não só dos magistrados federais, como também de toda a magistratura do país", diz a entidade.
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