Após as informações do suposto desvio de dinheiro estar sendo investigado pelo Ministério Público de São Paulo, a Cooperativa Habitacional dos Bancários de São Paulo divulgou nota em que nega a existência do esquema. O promotor José Carlos Blat pediu quebra de sigilo  bancário e fiscal do tesoureiro do PT, João Vaccari Neto, ex-diretor financeiro e ex-presidente da cooperativa. Blat também pediu o bloqueio das contas da cooperativa. As informações são da Folha Online.

Na nota, a cooperativa diz que "a matéria [publicada pela revista Veja] é extremamente fantasiosa quanto aos fatos, como demonstra a informação de que teriam sido emitidos, para saque em dinheiro, cheques nominais à própria Bancoop em valor total superior a R$ 31 milhões".

De a acordo com a reportagem, o promotor analisou mais de 8.000 páginas de documentos do processo que envolve o desvio de recursos. Ele concluiu que a direção da Bancoop movimentou R$ 31 milhões em cheques para a própria cooperativa - esse tipo de movimentação é uma forma de não revelar o destino do dinheiro.

A Bancoop explica a movimentação bancária: “Na verdade, há uma intensa movimentação bancária entre contas da própria Bancoop, já que cada empreendimento da cooperativa, por força inclusive do Acordo Judicial celebrado com o Ministério Publico, tem conta bancária específica, sendo necessária a transferência de recursos utilizados para o custeio das respectivas obras".

O esquema teria beneficiado campanhas eleitorais do PT, principalmente a do presidente Luiz Inácio Lula da Silva, em 2002. A Promotoria já investiga o esquema de desvio de recursos da Bancoop desde junho de 2007.