O corregedor nacional do Ministério Público, conselheiro Sandro Neis, determinou a instauração de sete reclamações disciplinares para apurar fatos envolvendo membros do Ministério Público Federal em São Paulo citados no relatório final da CPI das Interceptações Telefônicas.

O relatório da CPI pede o exame dos procedimentos de investigação do Ministério Público Federal de São Paulo em diversos casos de interceptações telefônicas que integram a comissão. O relatório ainda pede apreciação das condutas de membros dos Ministérios Estaduais por conta de escutas sem autorização judicial pelo Ministério Público do Estado de São Paulo em alguns dos casos investigados.

A decisão da Corregedoria Nacional de abrir procedimento para apurar possíveis faltas funcionais de membros do MP teve por base a análise do material enviado pela Câmara ao Conselho Nacional do Ministério Público (CNMP). De acordo com a avaliação do corregedor nacional, diante dos indícios de cometimento de faltas funcionais, "cumpre averiguar se houve omissão do MP na adoção de providências investigativas de suposta prática criminosa ou se teria o membro do Ministério Público adotado procedimento que, transbordando a autorização legal para restrição do direito constitucional de reserva de comunicações telefônicas, resultou em falta funcional".

A conduta dos membros do MP no que diz respeito às interceptações telefônicas já havia sido objeto de preocupação dos conselheiros do CNMP. Em abril de 2009, o Plenário aprovou a Resolução CNMP 36/2009, que disciplina o pedido e a utilização das interceptações telefônicas, no âmbito do Ministério Público. Também tramita na Corregedoria Nacional  procedimento administrativo  destinado a acompanhar o cumprimento da Resolução 36 pelas unidades do MP. Com informações da Assessoria de Comunicação do Conselho Nacional do Ministério Público.